被視為趙藤雄賭身家、人生最後一場代表作的台北大巨蛋，因與台北市長柯文哲互槓而慘遭停工2年，2006年趙藤雄從當時的台北市長馬英九手中取得大巨蛋50年特許建造經營權，2012年大巨蛋正式動工，原先預計3年內就要完工。
2014年台北市長柯文哲上任，把大巨蛋列為5大案之一，認為舊市府假藉BOT之名，過度讓利於財團，當時外界一片叫好，認為柯文哲有氣魄跟財團對抗，從此趙藤雄就和柯P槓上。
過程中，巨蛋一度停工，屢傳將遭北市府解約，2015年4月北市府還提出大巨蛋體檢報告，指出大巨蛋有無法進行消防救災、商場與巨蛋共構造成安全危機等5大問題。遠雄和北市府不斷在司法上交互攻防，也常透過媒體互罵，柯文哲罵趙是「頑固老人」，趙藤雄則反批柯「粗魯、無禮、草率」。
柯文哲也因為無法解決大巨蛋問題，解約、拆蛋、復工？一直無法給台北市民一個交代，被認為歹戲拖棚，讓他去年底就職滿2週年的民調從第1年的61.9%，跌到35%。
現大巨蛋僵局持續未解，趙藤雄又因涉嫌行賄官員遭羈押，7月初傳出北市府對群龍無首的遠雄施壓，要求遠雄盡快補件送審，以重新掌控大巨蛋工程進度，但遠雄回應不急，雙方談判破局。使得柯文哲公開呼籲遠雄不要再拖，至於雙方是否拖到2020年，等大巨蛋合約失效？台北市民依然霧裡看花。
