本刊調查，由國民黨直接或間接捐助，以及國民黨色彩濃厚的相關基金會共計27個，財產總額高達29.14餘億元。由洪秀柱親自擔任董事長的則有中國國民黨身心障礙保護基金會、青年和平團、國家政策研究基金會、關懷長青文教基金會等，財產總額共計10.1億餘元。
洪營人馬包括前祕書長莫天虎、前組發會主委張雅屏也分別擔任2個基金會的董事長，前國發院長林忠山也還掌握1個基金會，就連因為中影案被收押的前政策會執行長蔡正元，也仍是孫中山紀念圖書館文教基金會的董事長。
挺吳中常委在7月就曾因為擔心國民黨捐助成立的基金會，被洪營「整碗捧去」，一度想在7月12日中常會提案，要求洪在一週內，把她或前黨務主管擔任董事長，並安插幕僚任職的基金會全部完成移交，但後來考量黨產會可能據此認定為黨產，沒收相關基金會的資產，提案才臨時喊卡。
對此，獲吳敦義留任的國民黨行管會主委邱大展強調：「基金會不是國民黨能掌控的。」並說基金會都是獨立運作的單位，人員變動有一定章程，須由董事會決定，與黨主席改選沒有關係，黨部也未干涉基金會運作。這樣的說法應是為免黨產會介入。
不過，知情人士說，吳陣營步步逼近，要把親洪勢力趕出基金會，卻是不爭的事實，但洪營堅持依照基金會的章程，人員任滿2年改選時才有人事改組的問題，而讓吳營相當頭痛。
對此，近洪人士表示，洪秀柱會依照慣例處理基金會的人事，雙方都有默契會進行協調，改組時程，將由吳敦義做主。
