國政基金會最早由前主席連戰創辦,「連震東文教基金會」捐助1000萬元成立;2000年政黨輪替,首次在野的國民黨再捐贈10億元擴編。
前主席朱立倫2015年接任黨主席後,隨即大動作改革智庫,順利讓連戰及其人馬全面退出,由黨主席親自兼任董事長一職,建立智庫制度化改革,立法院每會期開議前例行舉行的行政立法議事運作研討會,也移師智庫舉辦。
洪秀柱當選黨主席後,去年5月改選,也延續黨主席兼任智庫董事長的慣例,並進行人事大換血,並延攬馬政府時代的卸任政務官,包括前行政院副院長杜紫軍出任智庫副董事長、新聘前國發會主委林祖嘉前勞動部長陳雄文、前農委會主委陳保基等人,「影子內閣」正式成軍。
吳敦義上任前也進行智庫改革,除了讓國民黨立院黨團的首席副書記長是當然智庫副執行長,並將智庫的5個研究分組,調整為8個分組,與立法院8個常設委員會對應,強化智庫支援立院黨團前線作戰。