知情人士透露,總統府祕書長吳釗燮日前多次召開跨部會會議討論此事,包括漁業署、農委會、交通部、教育部、海巡署與國安會都派員出席。
府方原本以為育英二號偏離航道,誤闖釣魚台12海浬海域,但事後經過航跡圖證明,實習船航線雖稍有偏移,但距離釣魚台還有13海浬,只能算「擦邊球」,而且育英二號是廣義的商船,按照國際法屬於無害通過,就算偏航也不受12海浬的限制。
知情人士表示,毫無威脅的學生實習船竟引起日方高度關注,唯一能解釋的,僅有因為與中國海警船無線電通聯,引發其他聯想所致。會中就有人建議「以後中國海警船通聯不要理會」,但遭與會的專家反對,認為此舉更加不妥,因為育英二號屬於白色船身的公務船,若對無線電無反應,埋著頭往前衝,反而更易遭誤以為「行跡可疑」,恐引發更大危機,最後決議「育英二號未來出發前都要先通報,讓外交體系可以事先掌握」。