台北地檢署發現大巨蛋案5大疑點，首先，2004年9月20日馬英九在台北市長任內與遠雄集團負責人趙藤雄密會，是否訂有違法密約？第二、大巨蛋BOT案原本有權利金28億元，為何最後會變0權利金？第三、馬英九在大巨蛋案評選委員選任，是否指定特定人選加入，以利掌控結果？第四、台北市政府將大巨蛋案「接管權」刪除，雙方有爭議時，市府無權制衡廠商，是否涉及圖利？第五、台北市政府承諾遠雄辦理都更，讓大巨蛋附屬設施可當豪宅，過程是否合法？
最後發現，北市府處理遠雄大巨蛋案有三大疏失，先是將原本合約中可以保障台北市府權利的上權及營運資產移轉等條文，改成對遠雄有利的可以轉讓等文字，接著又每日10萬元的違約金改為5萬元。
最重要的部分，則是權利金，起訴書指出，2004年9月間，當時台北市財政局長李述德在議約會議中誆稱，遠雄董事長與市長見面後有共識，權利金的部分，市府高層認為不必提，檢察官認為，李述德在處理大巨蛋案，偏向遠雄立場，先將單次違約由900萬元降為300萬元，又刪除原有1%的權利金條款，圖利遠雄30億元，且對於不法行為辯稱是個人談判技巧，犯後態度不佳，求刑10年。
