10月31日，台北地檢署歷經4個月調查，傳訊近500人次，清查400多個可疑帳戶後，偵結遠雄集團創辦人趙藤雄涉及大巨蛋、都更、眷改、遠雄人壽掏空及侵吞遠雄建設下腳料等5大弊案，分別依《貪汙治罪條例》行收賄、圖利、《證券交易法》財報不實及特別背信等罪，起訴趙藤雄父子3人及台北市前財政局長李述德等31人，另外有13人獲得緩起訴，緩起訴金額達4710萬元。
更改條文 利於遠雄
其中，趙藤雄在遠雄人壽財報不實部分被求刑10年、土城及新莊都更開發案另遭求刑8年及6年，台北市政府前財政局長李述德也因大巨蛋案涉及圖利罪被求刑10年，至於時任台北市長的前總統馬英九是否包庇遠雄，則另案偵辦。
遠雄弊案中最受矚目的大巨蛋案，檢方根據會議記錄譯文，還原當時開會的狀況，發現2004年9月20日，馬英九在台北市長任內與遠雄集團負責人趙藤雄密會，在場者還包括遠雄副總蔡宗易及建築師劉培森等人。
檢方清查發現，台北市政府處理遠雄大巨蛋案有3大疏失。首先是將原本合約中可保障台北市府權利的地上權及營運資產移轉等條文，改成對遠雄有利的可以轉讓等文字，擺明是配合遠雄規劃興建類似台北轉運站旁的京站地上權住宅，幸好該計畫在申請都更時被攔下，才未讓遠雄得逞。
此外，李述德還將大巨蛋違約金，從每日10萬元改為5萬元，最關鍵的權利金部分，檢方查出，李述德在2004年9月的議約會議中誆稱：「遠雄董事長與市長見面後有共識，權利金的部分，不要一隻牛剝2次皮，市府高層認為不必提。」李述德向檢方坦承他說謊，馬市長當初沒這樣說，檢方也傳訊馬英九及其他在場人士作證，確認馬英九當時並未允諾「零權利金」。
建照卡關 放水通過
檢方發現，李述德還在會議上說：「我一直強調今天是議約結婚，不是議約到離婚，那就不好了。」檢方認為，李述德在處理大巨蛋案時，立場明顯偏向遠雄集團，不但先將單次違約金從900萬元降為300萬元，又刪除原有1％的權利金條款，圖利遠雄30億元。
檢方痛批，李述德對於不法行為居然辯稱是個人談判技巧，犯後態度不佳，在甄審過程中虛構上意矇騙，假借不實話術附和遠雄。
除了圖利遠雄外，檢方也查出大巨蛋的公安有問題，因為大巨蛋當時遲未通過防火避難性能設計書評定結果，導致建照卡關3年多，逼得台北市議會在2011年6月1日下達最後通牒令，要求遠雄若無法在一個月內取得建照，台北市政府應與遠雄終止契約。一旦解約，遠雄勢必損失慘重，虧損百億元。
遠雄最後修改避難地點，將其移至地上2至4層的陽台等處，負責大巨蛋避難審查的台灣建築中心，在同年6月23日召開專案評定小組審查會議。弔詭的是台建中心居然在會議隔天，火速函送會議記錄給營建署與審查委員。
由於遠雄根本沒有修改內容，其中2名評審委員被查出，報告連看都沒看就簽字，時任台建中心執行長許銘文因放水審核也一併遭起訴。在台建中心的護航下，營建署同月27日核發防火性能評定書給遠雄，郝龍斌時代的台北市政府也在同月29日發出建照給大巨蛋，讓遠雄免遭解約命運。如今檢方的調查證實大巨蛋建照有瑕疵，未來是否強行拆除，不得而知。
私吞鉅款 搜出帳冊
此外，檢方也查出，遠雄在新北市的海山煤礦場都更案動手腳。由於當地是土石流敏感區，趙藤雄卻想打造12棟、2000戶的大型造鎮計畫，透過新北市議員周勝考向其他民代遊說，還將遠雄的土方工程發包給周所掌控的勝益營造承攬，並在清運土方費用灌水200多萬元，藉此填補周向遠雄買房的價差。
檢方另外查出，趙藤雄涉嫌從10年前開始，以墊高顧問費等方式，掏空遠雄建設6億多元，甚至私吞大巨蛋等工程「下腳料」480萬元，還透過在遠雄擔任要職的小姨子，將錢藏在關係企業「東源營造」等公司，當成私人小金庫使用，藉此行賄官員。檢方也從遠雄總部30樓，搜出比人還高的巨型保險箱，其中藏放鉅款及機密傳票、帳冊，成為起訴趙藤雄的有力證據。
此外，檢方3年前偵辦趙藤雄涉及的林口A7合宜宅案，發現遠雄打算消滅69箱帳冊，急忙趕往桃園的環保公司查扣。經檢察事務官分析比對，查出趙藤雄涉嫌利人頭公司，承包旗下遠雄人壽的建案，至於他的長子趙文嘉及次子趙信清，因分別擔任遠雄建設董事長、遠雄人壽總經理，也被控在財報上動手腳，隱匿關係人交易，趙氏父子3人分別被檢方依《證交法》特別背信罪、財報不實罪起訴。
廠辦教父 曾遭判刑
誇張的是，檢方還發現，營建署前主任祕書洪嘉宏在2013年11月至2014年5月間，擔任營建署城鄉發展分署長期間，涉嫌向遠雄集團、昌益及冠德建設等3家公司索賄一億2千萬元，讓遠雄取得新竹、台中、台南等眷村改建標案，總金額超過20億元。
洪嘉宏遭羈押後已認罪，坦承將贓款分成580萬元、2300萬元及118萬元，由妻子、妻子閨密及工友保管，並借名在新北市新店區及桃園等地買房。由於洪已繳回3550萬元不法所得，並供出建商行賄過程，檢方依貪汙罪起訴，也建請法院量處適當之刑。
趙藤雄素有「廠辦教父」「造鎮專家」之稱，身價超過百億元，去年他才因林口A7合宜宅等案遭判刑2年、緩刑5年，繳交公庫2億元後幸運脫身，不料，如今又因大巨蛋等案遭到起訴，未來一旦判刑超過6個月，依規定緩刑將撤銷，趙就得入監服刑。曾經呼風喚雨的遠雄帝國如何度過這空前的危機？格外引人注目。
