2003年，日本媒體報導，山口組五菱會幹部「梶山進」被檢警查出，要求旗下店鋪將收入所得以「布施」的名義，捐贈給北海道的宗教團體，金額約8000萬日圓，但最後都匯入梶山進管理的銀行帳戶中。由於這些錢都沒被挪用，日本檢警研判，梶山進這麼做可能是為了集中上繳到五菱會或山口組總部的款項。
日本媒體報導，梶山進指示各店店長，在參加宗教團體每個月在東京飯店舉行的祈禱時，依各店營業額多寡，捐贈一定的款項。另一方面，山口組將宗教團體收編的情形也十分常見，因為捐錢給宗教團體不須課稅，剛好適合存放以不法手段取得的收益。
有人分析，山口組在日本會利用捐款給宗教團體洗錢，難道不會在中國、台灣或香港，運用同樣的手法洗錢嗎？與南國熙關係密切的山根敬，替山口組洗錢，南國熙成立的「南懷瑾文教基金會」是否有此意圖？不免啟人疑竇。
對此質疑，南國熙曾經發出聲明強調：「我雖認識山根敬，但沒有參與洗錢，也與山口組無關！」
不僅黑幫利用宗教團體洗錢，恐怖組織也用類似的手法調度資金。根據警大教授研究，恐怖組織會透過2種方式介入慈善團體運作，掌握帳戶。
第1、撰擇監督鬆散、經費管理沒有效率的國際性慈善團體在國外的分支，特別是比較偏遠的地區，積極滲入管理階層，伺機轉變慈善使用項目。第2、宣傳其理念，讓整個慈善團體從上到下都知道，甚至參與對恐怖組織的募款，也透過清真寺等宗教機構，間接取得經費。
捐獻者提供金錢給代表慈善團體的中間人，接著慈善團體使用這些捐款進行合法的人道用途，但這個時候，可能有2種流入恐怖組織的狀況。第1、慈善團體有意無意地允許一些捐款，經由恐怖組織的「金融促進者」吸收。第2、善款移轉到政府治理不良的地區，可能因為分支的貪腐者被收買，也可能因為分支的同情者，導致經費流入恐怖組織手中。
