判決指出，趙建銘是台灣大學醫學院醫學系畢業，案發時是台灣大學醫學院附設醫院醫師，且為陳水扁前總統女婿，言行深受全民矚目，自應潔身自愛，其於案發前已有買賣股票投資的相當經驗，且智識程度及社經地位均高於一般社會大眾，對於內線交易禁止規範應有相當認知，卻在台開重大消息未公開前將消息告知父親趙玉柱，並參與趙玉柱以其母簡水綿證券帳戶從事內線交易買入台開公司股票的過程，讓父親趙玉柱內線交易獲鉅額利益。
合議庭認為，依被告趙建銘、蔡清文及游世一供述，可認定趙氏父子因支持游世一取得台開公司董事職位，而由游世一支付趙玉柱300萬元報酬，顯有附隨這個內線交易而「以權謀私（錢）」的意圖與行為，趙建銘在本案的可非難性程度相較於其他同案被告更高，不僅危害股市秩序，且造成社會大眾對於證券市場股票交易的公平性及健全性產生高度疑慮，加上他至今12年仍未坦承犯行，未予緩刑，趙建銘本身並無犯罪所得，雖判有罪，但不對他沒收犯罪所得。
依《證券交易法》對內線交易罰責規定，犯罪所得1億元以上，刑責加重從7年起跳；1億元以下則是3至10年，但如何計算並無明確標準。此案2006年起訴後，法院對於趙建銘犯罪所得歷審認定從417萬元到1.1億餘萬元都有，但誇張的是，最高法院同一法官面對高院採犯罪所得超過或低於1億元都不認同，又不指明該如何計算，12年來4度發回更審。
最高法院遇有法律適用重大爭議，原本有統一法律見解的責任，此案卻一再自廢武功，搞到高院無所適從，破天荒委託第三公正單位台灣科技法學會鑑定犯罪所得，創下司法史上首例，高院今（20日）參考台灣科技法學會鑑定意見的「擬制所得法」計算方式並綜合相關事證，認定被告有罪。
判決指出，全案不法所得為475萬餘元，趙玉柱、游世一雖也獲減刑輕判，但也未獲緩刑，此外，高院除了判趙玉柱、游世一吐出賣股賺的475萬餘元外，還要另再對2人各罰5000萬元與6000萬元，罰金約相當於2人賣股票的總金額；仍可上訴。
