馬英九進入法庭後表示,檢察官上訴沒有理由,「我無罪」。針對遭控在2013年8月31日將特偵組偵辦立委柯建銘涉嫌關說司法案的祕密事項外洩,馬英九強調,當時是立法院長、在野黨立院大黨鞭、法務部長、高檢署檢察長涉及集體關說司法個案,他必須進行處理。
馬英九認為,自己是基於中華民國《憲法》賦予總統的責任,總統必須面對並處理即將發生的政治風暴,他才請行政院長江宜樺及總統府副祕書長羅智強共同會商解決之道,是憲法2位最高行政首長之間的商議,他並未對外公開關說案的任何資訊,當時是以最大限縮、最小侵害態度審慎處理危機。
檢方則認為,馬英九明知案偵仍在偵查中,卻將偵查機密外洩,犯意與犯行明確,應判有罪,此外,檢方也認為,若總統的行政特權及於犯罪偵查資訊,將是總統擴權,等同總統可有偵查權,後果不堪設想,檢察官認為,同一案件中,洩密共犯前檢察總長黃世銘已遭判有罪確定,但一審誤引《憲法》「院際調解權」,並悖於明確事證及高院認定的前檢察總長黃世銘是受馬教唆的事實。
柯建銘則說,此案有三大意義,涉及我國憲政要重建、民主要轉型正義,司法要改革等大事,柯建銘強調,馬英九毀憲亂政,以總統身分操作司法、破壞憲政體制,應終結特務治國,此案絕對是轉型正義必須處理的指標案件,事關司法能否獨立、得到人民信賴,他對高院判決深具信心和期待。