王純娟認為,吳茂昆在東華大學校長任內,假藉職權,連續3年詐領該校「講座獎助金」「特殊優秀人才彈性薪資」款項,總計804萬元。
王純娟指出,吳茂昆於2012年1月19日就任東華大學校長,依《公務員服務法》第14條第1項「不得兼任他項公職或業務」,以及《行政院限制所屬公務人員借調及兼職要點》第7點「各機關公務人員不得兼任公私立學校專任教職員」之規定,吳無論學術地位是否崇高,依法就是不得另具東華大學「專任教師」身分,更不得支領任何專任教師薪給。
王純娟痛批,吳茂昆為圖私利,竟違反前述法令規定,於2011年12月經東華大學聘為講座教授與物理系專任教授,但聘期其實是從校長就任後的2012年1月起,為期3年。換句話說,吳茂昆就任東華大學校長在先,講座教授在後,並非行政院發言人所說的「就任校長前」即取得講座教授獎助金。
王純娟也批評,吳茂昆就任後,假藉校長職權,擔任學術獎助評審委員會主席及任命其他審議委員之機會,主動提案申請再獲核發「特殊優秀人才彈性薪資」,連同「講座獎助金」,所有薪資合計每月近40萬元。
王純娟說,1個有60%工作日請假外在的校長,要領年薪近500萬元?且其兼任行為及兼任所得均未經主管機關教育部核准。在監察院調查後,遭教育部追回金額較少之「講座」部分的兼任薪資176萬餘元。吳茂昆雖自稱誤會,但她認為是明知故犯的非法詐領!