吳茂昆指出,教育部從來沒有干預大學自主,台大校長是遴選而非選舉,遴選就是希望遴選委員選出最好的人擔任校長,來領導台大,這個人選有很多標準需要被檢視,但目前很多事證看來,遴選過程並不完備,違背遴選委員會自訂的學術誠信原則。
對於已經有台大校長遴選候選人表態不選,吳茂昆表示,這顯示遴選有問題,否則為何不選?如果認為選舉很正當,為什麼不回來選?仔細看候選人、前清華大學副校長吳誠文的聲明,如果遊戲規則做的更完美更完備就會回來,另外前中研院副院長王汎森則是沒有說明為何不選,顯示對這件事情的失望。
吳茂昆進一步表示,當然會尊重大學自主,但教育部要求整個遴選過程更完備,遴選就是要選出好校長,針對所有候選人,訂出公平公正的遊戲規則,我當年就是參加台灣第一校長遴選,那也是清華大學第一次遴選校長,是很不一樣的過程。最後吳茂昆強調,學術沒有真正的民主,遴選是大學自治。