吳茂昆指出，關於管中閔案已經看過很多資料，不敢說完全掌握，但週三的諮詢委員會中將會多聽專業人士意見，以充分的資訊做出最後判斷。吳茂昆強調，教育部是一個團隊，不是單靠一個人就可以把事情做好，多年來也很關心教育事務，擔任職務就是把事情做好。
對於外界不斷爆料質疑赴中國兼職疑慮，吳茂昆在答詢時具體回應，過去前往中國大陸都是兩岸學術交流，這件事在學術界很平常，某種程度也是被鼓勵，我很明確的說一句話：「我所做的沒有一件事是不對的，問心無愧，所有對我的陳述都沒有事實根據，我這輩子最自傲就是沒做過錯的事。」
但今天立法委員柯志恩在質詢時指出，吳茂昆擔任東華大學校長期間在美國設立師沛恩生技公司，並且是公司負責人之一，而且又到大陸申請專利並掛名發明人，此外東華大學也是發明人。柯志恩質疑，公務人員不能在美國成立公司，這已經違反法令。
吳茂昆強調，這項發明是在東華大學期間所做很有趣的實驗，因為我當時擔任校長，因此為了到美國申請專利請友人幫忙，我和東華大學都是專利發明人，而且為了善加保護發明，因此不止美國，還在中國大陸、日本與歐洲申請專利進行保護，但對於外界質疑，會深入了解此事並對外說明。
