諷刺的是，當時幫林志昇想出理論架構、被外界稱為台灣民政府「理念智囊團」首席的補教名師何瑞元，正是發想台灣民政府設立的「國父」，從2012年起不斷指控林志昇「斂財」，還2度發出聲明，重申不涉及台灣民政府的一切事務。
「國父」何瑞元除了在聲明中與林志昇劃清界線外，還出面指控林志昇說與美國國防部、國務院及中央情報局等單位有密切連絡，根本都是欺騙；且台灣民政府聲稱應美國要求舉辦的政務官高級班訓練課程，也非事實，卻向受訓者收取每人1萬多元費用，實在很過分。
何瑞元的聲明讓不少支持者開始對民政府產生質疑，加上林志昇募款後說要到美國打國際官司確認台灣民政府的合法政權，卻一直未成行，首次引爆眾人不滿。
蔡朝鵬透露，2015年底，林志昇拗不過眾人質疑才赴美提告，卻被他發現林只是進行人權賠償訴訟，即使勝訴，屆時接收台灣的也不一定是台灣民政府，而且打官司的帳目細節從未公布，他花了2年半蒐集證據，找齊百餘位被害人一同向檢調檢舉。
