教育部核定108學年一般大學碩博士班招生名額，碩士班38,983人，相較107學年40,003人，減少千餘人；博士班核定4,250人，相較107學年4,242人略增8人，但有37個博士班招生名額掛零，面臨生存危機，連頂尖大學也逃不過。
根據《聯合報》報導，教育部高教司科長郭佳音指出，108學年度碩博士班招生名額總共是43,233人，但此數字是扣除華梵大學和康寧大學，因為這2校正在進行整體校內盤點；至於博士班名額會略增，是因為108學年有學校增設博士班。依總量規定，大學新成立博士班第1年的招生名額以3人為上限。
回應碩士班名額略減的原因，郭佳音說，可能是因為學校認為招生情況不好，主動向教育部申請「寄存」名額，先主動刪減名額，等未來招生回穩，再申請回復名額，也可能是因為招生狀況不佳，被教育部扣減。
報導也訪問到一位台大城鄉所碩士班學生，他覺得在台灣念博士班不是最具投資報酬率的選項，因為在台灣念博士要花很多時間、很多錢，不如到國外去就讀。
對此，成功大學表示，工學院、電資學院碩士生一畢業很快就被企業搶走，不續讀博士；交通大學則表示，工學院和理學院的博士班之所以招生名額偏低，是因為學生若是念博士，要很久才找得到工作；有些系組則是出路不佳沒有學生想讀，所以調整招生名額。
