行政院成立的「1021鐵路事故行政調查小組」15名成員也敲定，召集人由行政院政務委員吳澤成擔任，執行祕書是交通部鐵道局局長胡湘麟。召集人吳澤成今已率調查小組委員至事故現場現勘，並舉行第一次小組會議，首次會議內容將確定後續調查進行方式與行政調查方向。
其他成員包括，行政院災害防救辦公室主任吳武泰、行政院交通環境資源處處長陳盈蓉、國家發展委員會副主任委員曾旭正、國家實驗研究院副院長吳光鐘、國立台灣大學軌道科技研究中心主任廖慶隆、中興工程顧問社土木水利及軌道運輸研究中心主任鍾志成、國立台灣科技大學機械工程系退休副教授吳翼貽、國立台灣大學土木研究所教授賴勇成、台灣世曦工程顧問公司董事長周禮良、台灣世曦工程顧問公司前副總工程師（軌道部退休）楊漢生、中華民國土木技師公會全國聯合會監事／台北市土木技師公會常務理事莊均緯、台北市交通工程技師公會理事長劉信宏、漢德技術監督服務公司資深顧問崔皓翔。
賴清德在政務會議上做出5點指示，包括要求調查小組儘速調查、針對普悠瑪列車進行全面安全體檢、現階段普悠瑪行駛期間遇彎道即減速以確保安全。
此外，賴清德要求應協助亡者及其家屬協處後事。因此次死傷旅客多為宜蘭、花蓮及台東的居民，賴也指派政務委員陳美伶親赴現場了解，並請台東縣、花蓮縣、宜蘭縣府積極協助傷亡民眾及家屬後續生活照顧事宜。賴並指示，各部會與地方政府全力合作，要「把傷害降到最低」，會儘快提出行政調查報告。
