黃國昌24日質詢時提問，在事故發生過程中，不斷發生機器異常，為什麼台鐵還是決定讓列車繼續行駛？台鐵副局長杜微回應，調度所依據從司機員回報狀況判斷，在安全狀況下列車可繼續行駛，且表示動力異常不會影響到安全。
台鐵局副局長杜微原先表示，調閱無線電通聯紀錄發現司機員沒有報備，調度員不知道司機員關閉ATP（列車防護系統） ，初判是司機人為疏失。但昨天黃國昌質詢時指出，ATP一被關閉時無線電就會發出訊號，行控中心就會立刻得知狀況，台鐵事後才承認2010年起全面加裝的ATP遠端監視系統只有普悠瑪沒有裝，司機若關閉列車上的ATP沒通報，就沒辦法即時發現。
接著黃國昌拿出資料，質疑台鐵在2010年花1700萬加裝ATP遠端監視系統，一關閉行控中心就會立刻掌握狀況。但事故發生後卻說司機把ATP關掉且沒有通報，行控中心無法監控，他怒批「遠端監視系統根本是假的啊！」質詢過後，台鐵才承認2010年全面加裝的ATP遠端監視系統 ，唯獨普悠瑪沒有加裝，司機如果關閉車上的ATP沒通報，就沒有辦法即時發現。
台鐵日前表示，列車之所以走走停停是氣壓不足，黃國昌指出是主風泵出問題。事發當時台鐵局鹿潔身局長表示，普悠瑪號日前才做完一次6年大保養（四級檢修），但黃國昌進一步追問保養日期時，在場的台鐵官員卻改口說做的是三級保養。他直問，那主風泵測試機台在哪裡？台鐵才坦承現在才要採購。黃國昌痛批，測試機台現在才要採購，該如何保養檢測？痛批台鐵根本在說謊。台鐵局則回應，保養是外包，廠商都有測試機台。
黃國昌今在臉書上表示，台鐵高層震驚議論「為何知道這麼多事？為何連我們根本沒有測試機台都知道？」，開始內部清查下封口令。他表示，敬告台鐵高層，想想受難者家屬，想想所有乘客，別再撒謊，誠實面對，把心力放在解決問題上，你們走過的足跡無法湮滅。
在普悠瑪事故中，董家8口不幸罹難，罹難者董進發的兒子董明豪也在黃國昌臉書留言回應，表示「謝謝黃委員..也請幫我們家族查明真相，我爸..現在躺在冰冷靈柩裡..大伯.大伯母.姑丈.姑姑.姐姐.侄女.侄子也是..到現在只能說：死的不明不白來形容！
還有四位家人正在加護病房，我媽醒來一直問：爸爸勒，大伯們勒..有沒有比較好。你們知道我心有多痛嗎？到現在還不敢說已都上天堂了。
您們也知道..台東是個很落後地方，尤其是新港鎮，更是鄉下。我們很弱勢..沒認識什麼有權利人。也不知怎麼請教他人..很無助但我們董家很團結，一起出來，也一起回家。事發後..我不曾留過言，這是我第一次留言。」
