黨政人士透露，有關吳宏謀的去留問題，賴清德雖表示要等行政調查小組結果出爐後再檢討，但高層認為，當務之急是改革台鐵管理文化及營運沉痾，而非讓吳宏謀扛責去職。
一位北部綠委私下表示，發生史上最慘的台鐵交通事故，理論上吳宏謀當然該下台，但他上任才3個多月，有關台鐵內部的管理積弊，並不是吳上任後才出現，交通部必須先執行改革意志，尤其是跟台鐵工會溝通，例如加派駕駛員，才能解決人力缺口造成的營運問題。
民進黨團書記長鄭運鵬則說，如果每次基層出狀況，都由部長、局長或董事長等高層下台負責，真正的問題反而沒辦法改革及檢討，像這次的事故恐怕是台鐵百年沉痾所引發的意外，若要部長下台，看似嚴重，實則廉價。
一名南部出身的立委表示，吳宏謀是府院都高度肯定的部長人選，這次普悠瑪意外，不可能配合國民黨換掉一個部長，「要追究的話，那毛治國的責任要怎麼算？」
該名立委直言，台鐵過去發生事故，都是「關在內部自己做檢討」，前年約400次、去年超過500次的大小事故，台鐵都球員兼裁判自己關起門來檢討自己，最後大事化小，連檢討報告外界也看不到，因此，賴清德在普悠瑪事故發生後，才會要求成立獨立的調查小組來調查，負責統籌的就是吳宏謀，由此也可看出賴並不會因這次事件換掉吳。
「國家運輸安全委員會喊了那麼久一直無法成立，就是因為台鐵、公路系統一直抵抗納入」，親賴人士直言，抵抗的單位甚至希望能「分階段納入」，但這次普悠瑪事件後，賴清德要求鐵公路安全調查必須納入運安會，不能再由各自系統內部進行關起門來的調查，相關組織法草案也會在1個月內送立法院審查。
