有台鐵員工po照爆料，台鐵事後發出公文警告投書與被採訪的台鐵員工，已違反《公務員服務法》，公文上寫明「未得長官許可，不得以私人或代表機關名義，任意發表有關職務之談話。」黃國昌在臉書po文，表示聯絡台鐵局長說明，為何台鐵要針對那些提出缺出、改善建言的員工進行整肅打壓，結果竟得到局長根本還沒上任的回覆。
黃國昌怒批效率太差，並質疑難道這就是行政院遲遲不將《吹哨者保護法》草案送到立法院，刻意推延立法的用意嗎？黃國昌並要求行政院長賴清德說明，究竟是誰下令打壓，以及下令打壓是否為行政院的立場。
10月21日發生普悠瑪翻覆事件，台鐵局長鹿潔身當晚口頭請辭，交通部長吳宏謀25日宣布鹿請辭獲准，行政院29日宣布新任台鐵局長，將由交通部政次張政源轉任。
