文化部長鄭麗君表示，在她上任前，這座德國製造、擁有9085支音管、造價新台幣1.2億元的亞洲表演場館規模最大的管風琴，卻因保存不當放到發霉，讓她相當心疼，「所以一方面要讓其他標趕工追上，一方面要請專人幫管風琴除霉，雙邊工程時間準確銜接上後，管風琴才能通電，而通電後才不會繼續發霉。光是這個管風琴的照顧就牽一髮動全身，影響其他工程。」
鄭麗君2016年5月才上任，衛武營原計畫的竣工日期卻為絕無可能達成的2016年6月底，衛武營光是工程前後就發了7標、卻僅有1標驗收，「有許多問題亟待處理，例如有些標，卡在最後1、2成沒辦法突破關鍵問題，還有的是廠商停工沒進場，我們只能一一請回來，用跨部會平台方式解決所有問題。」
她還舉例，由荷蘭設計師設計、德國廠商技術合作的衛武營3D雙曲面金屬設計屋頂，施工工序多達12層，每一層施作後，都要經過3次3D掃描，送回德國調整數據無誤後，才能繼續施作。而連通榕樹廣場及都會公園的戶外空間，為了確保鈑片的抗風性能，需送至美國進行測試，最終還研發出衛武營獨有的高抗風屋頂設計，最高可抗10Kpa負風壓、足以對抗17級以上颱風風壓 （17級颶風約為4.4Kpa）的設計，並取得專利設計。
因衛武營建築是國際規格，其建築消防的標準，也是超過國內消防的檢測規格，為此，更經過行政院工程會邀集內政部、經濟部、高雄市政府消防局等相關單位研商協調，在現場設置煙控摸擬實驗室，並在劇場直接做煙控消防檢測，試燒後再修整、恢復原狀，才解決法規的問題，並順利取得國內標準認證。
因為其中煙控模擬的測試與執行過程相當專業、複雜，且為國際上少有的大型劇院空間案例，負責執行的團隊還因此於2017年7月、在新加坡舉辦的第19屆電機與機械工程國際會議（ICMME 2017: 19th International Conference on Mechanical and Mechatronics Engineering），榮獲大會最佳論文獎項（CERTIFICATE OF BEST PRESENTATION AWARD）。
鄭麗君感性地說：「這個計畫是中央、地方政府跟工程團隊共同完成的，特別感謝建築英雄們及嚴德義先生，8年的時光歲月在工地裡度過，期待讓更多人了解背後的故事，工程能完成真的非常不容易。」
