台大癌症醫院是在2007年9月，郭台銘與時任台灣大學校長李嗣涔、台大醫院院長林芳郁簽定備忘錄，雙方約定郭董捐贈150億元興建，這也是史上最大的醫院捐贈案。同時，由於癌症病患在日本接受質子機治療，每個療程大約需要新台幣100萬元，即便郭董答應捐贈，估計每名病患也還要自費40萬元，癌症醫院收支才能勉強打平。因此，備忘錄附約中也明訂，質子中心營運前3年，向每名患者收費不得超過30萬元，差額由永齡基金會負責補貼。
不過，2013年6月，台大校長換成楊泮池，隔年一月，郭台銘再與楊泮池簽了新的備忘錄，約定永齡捐贈150億元，其中100億元籌建生醫工程館、癌醫以及輻質中心等3棟建物費用，50億元做為生醫工程領域產學合作。
也就是說，在2014年的「癌症醫院」備忘錄中，150億元的捐贈，未包含醫療設備，也不是郭台銘拿出150億元的真金白銀捐給台大，而是醫院外殼建築物蓋好後，轉給台大的「實物捐贈」，價值與金額都是永齡基金會認定，台大自始至終未經手一毛錢的現金。
在2014年的備忘錄中，補貼癌症治療費用的捐贈也隻字未提，反而增列台大與永齡進行生醫工程領域產學合作條款，永齡可藉由產學合作取得台大專利。
而值得注意的是，2014年5月，台灣大學與永齡基金會、放射治療設備公司瓦里安（Varian）三方共同簽定的備忘錄當中，永齡基金會將捐贈第一套瓦里安質子治療設備，未來提供台大癌醫中心進行臨床治療及相關研究使用。
依照原先對外宣布的計畫，台大癌醫再過半個月就要正式營運了，但這台要捐贈給醫院、最關鍵的質子機卻未到位，郭台銘究竟要不要繼續捐錢給台大癌醫補貼病患，前後態度也反覆不明，台大癌醫的200多名醫生和護理人員，也因為不確定感，士氣低落。連蓋好的醫院，也未進行產權轉移，難怪管中閔將台大癌症醫院視為他上任台大校長以來最大的難題。
台大與郭台銘簽約捐贈迄今已12年，短期內台大癌醫卻還沒辦法正常營運，距離當初郭董宣稱2年內要啟用的目標，進度顯然嚴重落後，看來忙於打總統初選的郭董，應該盡快與台大做好後續溝通，並將質子機搬入台大癌醫，避免讓捐贈的美事變成憾事。
