在健康危害相關研究方面，衛福部指出，加熱式菸品是以菸草製成，釋放出的菸霧與傳統菸品相同，均含有尼古丁和其他致癌物質，世界衛生組織對此類商品已發表聲明，認為所有形式的菸品，包含加熱式菸品在內，都均會對人體產生危害。
日本及韓國報告指出，加熱式菸品與傳統紙菸一樣，除含尼古丁易讓人成癮外，也含有焦油、NNN、NNK、甲醛、乙醛等有毒及致癌物質。加熱式菸品中所含的尼古丁等成癮性物質，會刺激神經釋放「多巴胺」（dopamine）讓人感到自在與放鬆，在反覆的刺激之下，會變得神經衰弱，多巴胺的分泌量也會隨之減少，需要靠更多更強的尼古丁才能刺激。
衛福部指出，美國食品藥物管理署（FDA）於雖於今年（2019）年，通過iQOS的「上市前菸草產品」（PMTA）申請，惟其於2018年1月召集諮詢委員會專家，以8票對1票認為iQOS比較傳統紙菸以燃燒方式產生的有害物質較少，但同時以8票對0票（1票棄權）認為菸商所提供的科學證據，並無法證明吸菸者轉用iQOS可確實降低相關風險，且也認為吸菸者完全轉用iQOS的可能性較低。故菸商不得宣稱該產品「可接觸較少特定有害化學物質」「比其他菸草產品危害更小」或「可降低疾病風險」。
衛福部指出，加熱式菸品的使用溫度約在350°C至600°C之間，而根據菸草控制期刊（Tobacco Control）近期研究報告指出，加熱式菸品在一般使用的加熱過程中，於90°C左右就會釋出急毒性與高毒性物質：甲醛氰醇（formaldehyde cyanohydrin），在低濃度下即具有高毒性；另外由於加熱式菸品設備的使用性質，可能會導致吸食的間隔減少，因此可能增加用者對尼古丁和其他有害化學物質的攝入量。
衛福部指出，有多位學者聯合獨立研究表明，菸商交予USFDA之資料中，僅分析93種有害或潛在危害化學物質中之40種，然而美國FDA於2018年1月24日至25日諮詢委員會提供的會議資料顯示，針對iQOS共113種主菸流菸霧成分進行分析，有56種成分排放量高於紙菸，甚至有22種高出200％、7種高出1000％，更有幾種物質屬於已知具顯著毒性。
此外，美國癌症協會（ACS）、美國心臟協會（AHA）、美國肺臟協會（ALA）及無菸草兒童運動（CTFK）等多個美國公共衛生組織共同公開信，質疑全球最大菸商申請MRTP未提供足夠科學證據證明IQOS不會使未吸菸者或青少年吸菸率提升。
至於在菸霧接觸危害相關研究方面，衛福部指出，菸草控制期刊2018年的報告，則整理了各種加熱式菸品的主流煙、側流煙及人體試驗測得的尼古丁、有害及潛在性有害物質（harmful and potentially harmful compounds，HPHC）的相對含量（相對於標準菸品），發現加熱式菸品在人體試驗中測得有害及潛在性有害物質(HPHC)的相對含量，皆大於使用機器測驗的含量，尼古丁含量在85％～113％之間，也遠大於機器測試的含量。
此外，2018年5月，荷蘭國家公共衛生暨環境研究院（The Netherlands National Institute for Public Health and the Environment, RIVM）公布的新聞稿指出，雖然對於短期與長期的健康影響在研究上還無法有結論，但可確定的是加熱式菸品的排放物仍含有致癮的尼古丁、致癌物質，以及其他物質。加熱式菸品的排放物雖然較傳統菸品的煙霧來的少，但不代表對健康的危害一定相對地低，各物質危害性因攝入量而有不同。此外，並非所有排放物中的物質都被測量，因此對於健康的風險與評估影響，研究資訊仍相當有限，但可以確定的是，加熱式菸品的排放物，會刺激或導致肺部細胞的損傷。
衛福部也發現，依據中國國家菸草質量監督及檢驗中心（China National Tobacco Quality Supervision and Test Centre）於2018年在《尼古丁與菸草研究》（Nicotine & Tobacco Research）期刊公布其獨立研究報告發現，雖iQOS釋出物（delivered releases）比傳統標準測試菸品之煙霧降低至少80％，但焦油、尼古丁則幾乎相同，且可能產生其他危害，包括以及含有特定的羰基化合物、阿摩尼亞、亞硝胺（NAB）。
衛福部指出，在吸引青少年相關研究方面，根據菸草控制期刊2018年刊載之研究報告指出，加熱式菸品所宣稱具減害效果，將混淆、誤導消費者，同時也易使青少年或剛成年的青年，在未獲得正確知識的狀況下，嘗試使用加熱式菸品。
另根據美國、加拿大、英國聯合研究顯示，16～19歲的青少年29.1％想嘗試電子煙，25.1％想嘗試加熱式菸品，19.3％想嘗試菸草，所以加熱式菸品對青少年吸引力比菸草還高。
衛福部指出，在走私管理上，加熱式菸草產品在國際間屬新興產品，其風險及危害性不明，我國尚未開放該相關產品進口，海關一向均積極於邊境通商口岸積極執行攔查。惟上開產品倘非經通商口岸非法走私入境，並於市面或網路非法販售，宜由各相關主管機關加強查緝。海關邊境查獲虛報或匿未申報加熱式菸草產品者，因涉違反海關緝私條例等相關規定，均依同條例第17條及行政罰法第36條規定予以扣押候處。
衛福部表示，經與此案提案人聯繫後，訂於今年5月29日辦理提案人訴求釐清會議，惟提案人於其後來信表示，經與其他聯署人意見討論結果，要求變更主辦單位為財政部，並表示若非由財政部主辦，將不會與會參加此訴求釐清會議，但依「公共政策網路實施要點」規定，連署案係由國發會派案檢核、部會確認權責，本案分別由衛福部作為主辦機關、財政部作為協辦機關，今年5月29日衛福部仍按規劃召開訴求釐清會議，財政部代表已到場，但提案人當日最後未出席。
針對提案人訴求，經衛福部與財政部於6月27日召開討論會議，經與與會人員於各面向探討政策、法源、實務運作情形，並考量目前國際實證報告與各國研究，決定不參採提案人之訴求。目前回應係根據國際實證。未來仍會持續蒐集世界衛生組織及含美國、英國、澳洲等各國研究及作法，分析更客觀的各項意見，作為未來政策擬定的參考。
衛福部指出，有關加熱式菸品的健康風險評估，經蒐整目前相關文獻後，發現澳洲、新加坡、澳門等國完全禁止加熱菸；認定為「菸品」並允許販售的是美國、加拿大、日本、克羅地亞、德國、希臘、拉脫維亞、荷蘭、斯洛伐克、斯洛維尼亞、羅馬尼亞、英國、義大利、葡萄牙、匈牙利，認定為電子菸的則是南韓。
★《鏡週刊》關心您：抽菸有害身心健康。
