檢方總動員，全案訊問204人次，並透過該署數位採證室分析31具扣押行動電話、筆記型電腦及隨身硬碟，此外，調查對象涵蓋各階層，連華航董事長謝世謙也被約談過。
檢調查出，華航空品處代理組長黃川禎在總統出發前3周提供免稅菸品價格表給國安局少校吳宗憲，由吳發放給總統府侍衛室等單位，並張貼在親友群組，由於下定菸品不設數量，因此，購數量才會暴增。
黃川禎收單後，再下指示給華航派駐在華膳公司的徐姓及陳姓人員，要求預定的免稅菸品不要搬上機，而是暫放在華膳保稅倉庫。徐、陳2人被檢方認為有逃漏稅稅捐罪嫌，陳因否認犯行遭檢方起訴，徐則認罪獲緩起訴。
此外，吳宗憲預估搬菸需要5輛車，由於總統府侍衛室自有1輛貨車，因此，吳先行到總統府交通科洽借2輛總統府貨車，後來國安局少校張恒嘉再向國安局特勤中心調借2貨車。檢方為讓外界充分了解案情，還特定整理Q&A對照表，洋洋灑灑羅列12個問題，主動釋疑，讓真相更加明朗。
