知情人士表示，該跨國毒品案海巡署方面是由高雄查緝隊，報請屏東地檢署檢察官指揮偵辦，與日本海上保安廳和相關執法機關合作成立專案小組，由於這是台日雙邊海巡單位合作史上最大量的毒品案件，也是日本一次性查獲數量最多的安毒案件，海巡署認為是己方提供關鍵情資後才得以破案。
但同一時間刑事局偵八大隊卻也發布新聞稿，指該案是與刑事局國際科共偵，報請台南地檢署檢察官指揮，接獲線報後，對主嫌跟監蒐證多時，在時機成熟後有所突破，順利在熊本縣漁港逮捕嫌犯並查扣毒品。
有海巡人員私下抱怨，依過去海巡署與日方合作案件的經驗，日方通常都會一併通知刑事局駐外聯絡官，但與媒體關係較為密切的刑事局，馬上就會發布新聞，把功勞全往自己身上攬，這種「有功就搶、打破不賠」的行徑，讓其他合作單位都看不下去！
2個單位究竟是誰主辦破案，如今形成各說各話的羅生門，這個狀況從2單位所發的新聞稿也可看出端倪，明明寫的是同一件案子，但2邊卻都未提到彼此的單位名稱，看來為這案子雙方結怨頗深。
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