若民眾受中國等滲透來源指示、委託、資助，違反《刑法》第149條至153條（妨害秩序罪）、《集會遊行法》第31條妨害合法集會遊行、《總統副總統選罷法》第5章、《公職人員選罷法》第5章或《公民投票法》第5章妨害選舉罷免及公投，可加重其刑2分之1。
另外，民眾若接受滲透來源指示、委託或資助，進行《遊說法》所規定的遊說行為，可由內政部處50萬元以上、500萬元以下罰鍰，但若針對國防、外交及大陸事務涉及國家安全或國家機密進行遊說者，處3年以下有期徒刑，得併科500萬元以下罰金。
若法人、團體或其他機構違反前述規定，處罰其負責人；對該法人、團體、機構科以罰金。各級政府機關若得知有違反相關情事者，應主動移送或函送檢察機關或司法警察機關偵辦。
根據三讀條文，「境外敵對勢力」定義是指與我國交戰或武力對峙的國家或團體，以及主張採取非和平手段危害我國主權的國家或團體。至於「滲透來源」，則是指境外敵對勢力的政府及所屬組織、機構或其派遣之人；境外敵對勢力的政黨或其他訴求政治目的的組織、團體或其派遣之人；以及前述各組織、機構、團體所設立、實質控制的各類組織、機構、團體或其派遣之人。
《反滲透法》也訂定了自首條款，若違法自首或於偵查或審判中自白者，可減輕或免除其刑。若自首並因此防止國家安全或利益受到重大危害情事者，免除其刑。
今天上午在立法院外，包括統促黨總裁「白狼」張安樂、新黨等團體發動約百人到場抗議《反滲透法》立法。統促黨拿出自製生死狀背板，張安樂當場表態簽生死狀，若兩岸戰爭時他不能到前線促成兩岸和平，「我張安樂絕不生還，你們敢不敢？」警方也在立法院周邊圍起層層柵欄，不讓抗議者越雷池一步。
進行討論後，朝野立委針對法案逐條發言，民進黨團總召柯建銘強調，這是本屆最重要的法案，民進黨團是以嚴謹態度提案，只要不拿中國的錢介入選舉、捐政治獻金、遊說就不會違法，「有這麼困難嗎？」親民黨團、國民黨團則主張應等下屆再審議。
不過，逐條表決開始後，人數居弱勢的國民黨立委帶著抗議標語到主席台帶著口罩靜坐抗議，並未參與表決，民進黨就以人數優勢讓所有條文都依照民進黨團版本通過。
另外，時代力量黨團、親民黨團在反滲透法審議前，提出將《礦業法》修法草案排入議程，不過民進黨、國民黨立委幾乎都不投票，讓表決不足法定人數，因此並未通過。
