菲律賓為防武漢肺炎（新冠病毒，COVlD-19），對中國和港澳地區祭出禁航令。菲國衛生部同時也以「一中政策」為由，將我國也納入禁令的範圍。該項政策於10日倉促實施，當天許多來自台灣旅客在菲律賓機場遭到滯留，而後遣返。外交部當時表示，菲律賓內部自己意見沒有統合，是衛生部片面下的決定，他們也對此表達抗議，希望更正這個決定。
儘管菲律賓駐台代表、馬尼拉經濟文化辦事處（MECO）主席班納友（Angelito T. Banayo）也以個人名義表示，台灣並沒有在世衛列入的禁止旅遊地區的行列，且台灣的醫療狀況非常好，菲律賓衛生部依然沒有採納其意見。眾議院議員也質疑，明明新加坡的武漢肺炎確診病例數超過台灣的2倍，為何只禁台灣而不禁新加坡？衛生部只表示，由於台灣和中國飛行距離不到一小時，人員移動頻繁，是從公衛角度才謹慎辦理，不過這樣的說法也遭打臉，因為台灣到菲律賓的巴丹群島，比到中國的距離還短。對台灣祭出禁令恐會打壞台菲關係。
我國對於菲律賓突然其來的不合理政策，不分朝野都相當憤慨，有人批評新南向政策應該檢討，也呼籲從經濟或勞工方面制裁菲律賓。總統蔡英文昨日也向總統府資政報告，政府正積極解決這個狀況，已請外交部處理，要求立場要強硬，也要對菲律賓提出反制。
然而外交部目前仍未提出相關反制措施。發言人歐江安在今日召開的記者會中說明，這是菲律賓衛生部的片面錯誤決定，現在先不談制裁，要等菲律賓方面開完內閣會議，根據他們會議的結果再來進行通盤考量。她強調政府會有配套措施，來妥善因應後續菲律賓政府的決策，現在先不排除任何可能性，也不希望看到台菲雙方的關係因為這次事件遭到傷害或是惡化，在菲方做出下一步決策前，外交部將持續進行溝通和對話。
雖然菲律賓尚未召開內閣會議，我方外交部沒有進一步回應，但菲國總統杜特蒂（Rodrigo Duterte）稍早已經表態，為了保護菲律賓國人的安全，他拒絕取消台灣人禁止入境菲國的規定。
