為防範新冠狀病毒（COVlD-19，武漢肺炎）疫情擴大，菲國對中港澳發出旅遊禁令，台灣竟也在名單中。面對質疑，菲國總統杜特蒂更強悍表示不會撤回禁令。蔣萬安強調，但台灣僅確診18例，相對於新加坡58例，卻禁台灣而不禁新加坡，根本站不住腳。
立委林奕華也強調，菲律賓是政府新南向政策主要受惠國之一，對於菲國片面取消台人入境，儘管總統蔡英文希望外交部硬起來，外交部卻只表示遺憾，「難道我們只表示遺憾而已嗎？」
蔣萬安和林奕華都認為，政府可以將菲國從優惠政策免除資格，或是參考當年廣大興事件制裁手段，例如減少對菲國的移工配額、調整關稅等方式，強列表達我們的立場。蔣萬安則憂心，如果這次禁令事件政府沒有妥適處理，一旦其他東南亞國家比照辦理，恐會引發骨牌效應。
