10日下午，菲律賓因防疫政策，片面斷航，來自台灣的航班和旅客全遭拒於門外。總統蔡英文表態，已指示外交部處理時立場可以強硬一點，並且提出反制。然而外交部昨（13日）於記者會指出，斷航是菲國衛生部的片面決定，尚待菲國內閣會議後，才會談後續的因應措施。不料稍晚，菲國總統杜特蒂就發表聲明，強調為了菲律賓國人的健康和安全，他不會同意取消台人禁止入境的政策。
台菲關係因為此次疫情處理陷入緊張。雖然台灣疫情控制良好，並未被世界衛生組織列為禁止旅行的區域，菲律賓內部也有反彈聲浪，菲國政策依然沒有轉圜的跡象。國民黨代理文傳會主席王育敏表示，蔡政府應該比照馬政府時期，對「廣大興號」事件的強硬作法，對菲律賓祭出多項反制措施，例如停止台菲高層交流互動、取消菲國免簽，甚至停止菲籍移工的來台申請。
民進黨立委鄭運鵬今在臉書發文，支持外交部保持彈性溝通，強調菲律賓是總統一人強硬，他們會呼籲菲律賓國人和國會也要採取強硬立場，請菲方不要誤判形勢。同時，針對目前政院對於疫情將提出的產業紓困政策，他也建議將菲籍移工的衝擊納入其中，「一邊紓困、一邊尋找替代來源，不再讓菲律賓單方面予取予求。」
最後，考量到在台的菲籍移工、新住民及子女目前的處境，鄭運鵬呼籲國人，這次的事件是兩國之間的問題，讓政府解決就好，大家千萬不要將情緒遷怒到在台菲人身上，「他們都是幫助台灣發展的好夥伴。」
