在攝影器材上,韓允中依照不同的場景、需要,調整配備。其中拍攝原畫與還原鄭問繪畫技法時,特別使用好萊塢電影等級的RED攝影機,出機時至少有4個助理,以最高規格呈現作品的細膩肌理。至於其他使用不同攝影機拍攝到的畫面,為避免落差太大,也會在事前先行試拍,再到大銀幕上觀察測試剪在一起的感覺。
王婉柔之前拍攝紀錄片《無岸之河》《擬音》時傳主均在世,但執導《千年一問》時,鄭問已過世,她也將此視為新挑戰。「因為鄭問不在了,眾人談論他的話與我們呈現的他,哪個是真的?電影本來就是虛構的,所以會有虛實之間的辯證,當我在想這個問題的時候,就冒出『鄭問看我們拍片』的另一種視角。如果鄭問先生在世的話,他會是什麼樣子?他會怎麼看我們拍他?」因此該片除遍訪鄭問親友、工作夥伴,還以2D動畫重現鄭問身影,穿梭全片。
在訪問部分,王婉柔指出,「以前拍紀錄片時,因傳主在,常會因傳主在做什麼事情、意料之外的,所以可能得犧牲技術,先行搶拍。可是這次傳主已不在,我們少了時間壓力,所以每一場,我和攝影師比較能好好溝通再拍攝。韓允中也補充,這次訪問在光線、背景上,或整個呈現方式都更講究,把場景氛圍營造出來。