906遊行訂於下午2點30分在九龍佐敦逸東酒店一帶集合,然後步行至旺角,但大批防暴警早在九龍多處部署,開始搜查可疑示威者。下午2點,前香港眾志秘書長黃之鋒抵達現場,除了呼籲港人記住遊行訴求,也要求北京釋放先前偷渡來台途中遭補的12名港人。
遊行開始後,示威者高喊「香港獨立!」「光復香港,時代革命!」永安百貨附近街口也有零星示威者聚集,港警也出動應對。據《中央社》報導,防暴警察採取了近似解放軍的穿插分割,從原先站在示威者兩端,彼此距離頗遠,但之後部分警察突然從馬路穿插到抗議人群中間,將他們分隔成幾個區塊,再逐一盤問或將人群趕至內街。被分散的示威者最後以小股形式向四周散去。
港警在油麻地、佐敦、旺角多處拉紅線攔查市民,據警方表示,在油麻地和旺角至少拘捕了90人,其中泛民主派政黨社會民主連線(社民連LSD)主席黃浩銘、副主梁國雄及多名成員原先抵達旋即被捕。