不過，教育部表示，參與校長遴選之候選人，如可能曾任或現任長江學者或列名千人計畫，皆須遴委會透過決議要求「充分揭露相關訊息」，以確認有無違法情事；至於我國學者發表的論文，其經費研究如來自中國官方，須依現行兩岸政策及兩岸條例等相關規範辦理，根據規定，我國大專校院現職專任教師，「未經許可不得參與中國大陸各項國家基金及重點研發計畫」，如有類似情事，應依兩岸條例規定報教育部。
對於遭指控赴中兼職，李篤中接受本刊採訪表示，長江學者是兼任性質，一年要去2個月、3年至少要去6個月，但他「沒簽約也沒接受」，因此根本沒這件事，至於獎金也沒領，「因為太低了」，長江學者獎金一個月約6萬元台幣，但食宿都要自己負責。
他並表示，他沒有辦法控制中國大陸怎麼做，「它要掛（指各種頭銜），你也沒辦法」，並指現在正值台科大校長遴選期間，才會有人刻意抹黑。但根據本刊取得的照片，他卻曾出席長江學者的受聘儀式並合影，與李的說法似有出入。
至於是否曾參與中國的千人計畫？李篤中說，當時是他們（指中國）幫他申請的、計畫書也不是他寫的，當通過後、他被通知時，他回對方「我不可能接受」，還要求對方撤掉，他並說，此案過去就曾被檢舉過、台大也正式調查過，他當時還請中國出示公文證明他沒有接受。
另有台科大學者質疑，李篤中過去有不少研究都與中國單位共掛、且單一經費來源都是中國，疑似實質在中國兼職。李篤中也回應，「這本來就是他們的錢、他們學生、他們的研究」，因為研究是他們的學生在做，自己只是出想法指導他們，但寫的論文都是「Taiwan」「China」各掛各的，絕對沒任何違規，難道這樣就叫在那邊有兼職？難道國際合作或跟國外合作任何東西，都是兼職嗎？
李篤中表示，他能澄清的，過去都已經想辦法拿到證據，這次因為校長遴選的關係，他又被抹黑，但大家卻不去問「怎麼做對學校比較好」，這種風氣實在不好。
關於兩岸教育交流活動的界線，教育部則表示，主要是依據教育部108年5月14日台教文(二)字第1080070235號通函、107年6月20日台教文（二）字第1070089425號函等規定，也就是我國公私立科研機構及大專校院現職專任教師及相關人員，「未經許可不得參與中國大陸各項國家基金及國家重點研發計畫（如千人計畫等）」，另也多次重申，我國現職公私立專任教師，不得應聘赴中國大陸任教。
教育部表示，如果曾任或現任中國長江學者講座教授、或列名中國千人計畫，但未依法取得許可，則涉及違反《兩岸人民關係條例》或《教育人員任用條例第34條》有關兼職的規定。
