教育部接受本刊採訪證實，已接獲檢舉李篤中曾主持中國國家自然科學基金相關科研計畫，「目前尚查無有相關報部許可紀錄」；換言之，李篤中赴中主持中國科研計畫，可能並未報備並經教育部許可。對此，教育部也表示，已立案調查，將會進行查處是否違反《兩岸人民關係條例》及《教育人員任用條例》等規定。
本刊15日報導披露，李篤中遭控曾經獲聘中國「長江學者」講座教授，還名列備受爭議的中國「千人計畫」名單，疑曾在中國兼職、長年拿中國官方經費做研究。儘管他矢口否認，但本刊進一步調查，他自2009年起，便連續11年以中國幾間大學之名，擔任多項中國科技部主管、國家自然科學基金委員會的研究計畫「負責人」（即台灣所稱的研究計畫主持人）。
本刊透過中國國家自然科學基金委員會的查詢系統交叉比對後發現，李篤中與哈爾濱工業大學合作最久、且密切，從2009年1月起至去（2019）年12月止，他以哈爾濱工業大學名義，向中國國家自然科學基金委員會取得3項計畫、合共165萬元人民幣的研究計畫，每項計畫執行期間3年起跳，有的則4年，共11年未間斷，且全都由李篤中一人獨自擔任「項目負責人」（即研究計畫主持人）。
而李篤中向中國國家自然科學基金委員會申請的還不只這3項，本刊調查，2013年1月至2016年12月，他還以中國復旦大學名義，向中國國家自然科學基金委員會取得一筆80萬元人民幣的4年研究計畫案，且同樣由他一人獨自擔任「項目負責人」。
此外，根據中方資料，李篤中自行揭露的研究計畫列表中，也出現一筆由中國科技部出資30萬元人民幣的研究計畫，這項名為「高效脫硫脫氮反應器之開發」的研究計畫，執行時間則是2009年10月1日至12月31日，一樣是由他個人掛名負責，並無其他合作單位或學者共同列名。
然而，根據《兩岸人民關係條例》第33-1條，台灣人民、法人、團體或其他機構，非經各該主管機關許可，不得與中國「黨務、軍事、行政、具政治性機關 (構) 、團體或涉及對台政治工作、影響國家安全或利益之機關 (構) 、團體為任何形式之合作行為」。
本刊調查，因中國國家自然科學基金委員會隸屬中國科技部，屬於中國「副部級」的單位，因此可能違反規定，一旦確認李篤中未經報備許可就申請、主持中國科研計畫，依法可裁罰10至50萬元。另因李篤中申請中國國家自然科學基金委員會的幾項研究計畫，都是掛在哈爾濱工業大學、復旦大學單位下，可能也涉違反《教育人員任用條例》等兼職規定。
