白先勇向和碩董事長童子賢提出拍片構想，後者慨然提供經費，由旗下藝碩文創公司製作出品，並敲定先前執導白先勇傳記影片《奼紫嫣紅開遍》的鄧勇星擔任編導。從2018年9月開始拍攝，共耗時約1年半完成，期間走訪7個城市、訪問近50名學者。
與鄧勇星2度合作，白先勇說：「我可以暢所欲言，講得比較自在，因為我知道，我講什麼他都懂。這滿要緊的，訪問的時候如果不對盤，講不出話的。」
鄧勇星也表示，有了上回的基礎，「這次白老師很懂我，知道怎麼跟我合作，那關係很微妙，得到彼此的信任，這份信任是一個片子的基礎。」
拍攝前，白先勇交給鄧勇星大量資料和訪談對象的名單，拍攝過程也提供意見，比方點出蘇州崑劇院「小蘭花班」或崑曲傳習所的重要性。那些「傳」字輩的資深藝師，把「正統正規、姑蘇風範」傳給現在的崑曲大師汪世瑜、 張繼青等，然後由他們傳給小蘭花班的年輕演員，後者再傳給校園版《牡丹亭》的學生們。
白先勇說：「一路一脈相傳下來最要緊。這部片的主題，在於傳承這門快要沒落的藝術，有高成就價值的美學，如何傳下來、讓它復活，就像牡丹還魂，把它的魂還回來。這個戲曲就講傳承，手把手傳下來，我們這片子最重要就是講世代傳承。」
由於素材非常多，加上鄧勇星與白先勇長達4個多小時的訪談，鄧勇星坦言，剪輯過程中難以抉擇內容，「不知什麼該割捨，因為聽起來都很重要。」不過，考慮到觀眾可以接受的片長時間，只能從龐雜的素材裡選取精髓，白先勇看了初剪之後也佩服導演的功力。
透過紀錄片《牡丹還魂——白先勇與崑曲復興》，觀眾可一睹青春版《牡丹亭》演員精緻的唱作、表演，影片也訪問了王安祈、王童、汪世瑜、奚淞、張繼青等近50位藝術家、學者，並前往崑曲發源地千燈古鎮、周庄，捕捉崑曲與大眾生活的過往痕跡，為崑曲留下一頁重要歷史。該片將於1月15日在國賓影城@台北長春廣場、光點華山電影館上映。
