環團認為中油的三接開發案將破壞珍貴的藻礁生態，因此發起公投連署，希望中油重新選址，尋找替代方案。曾推出「以核養綠」公投的擁核人士如黃士修、黃其君，近日加入聲援公投連署的行列，導致外界認為「護藻礁」與核電有關，甚至被視為是另一個公投案「重啟核四」的相關提案。
黃其君日前更在臉書表示，「過年前我和藻礁公投領銜人潘忠政老師達成協議，這個公投案彼此尊重擁核、反核方，各自用自己的方式推動二階連署」，並提出以核養綠才能救藻礁，喊出「挺核護礁」的口號。
然而事實上，潘忠政和發起守護藻礁的團體長期以來支持反核，主張推動能源轉型，如今卻被拿來與核電畫上等號，潘忠政今在臉書公開否認黃其君的說法，「本人與黃其君先生素未謀面，故無見面簽寫協議之可能。」
潘忠政說，自己過去只有在臉書看到黃其君的留言，當時他回應對方，自己公開的反核者，但尊重擁核派的信念，並表示守護藻礁是全民的責任，「基本上不會拒絕願意來幫忙的任何力量，過去如此，現在也一樣。」他認為，自己只是中性的傳達守護藻礁的立場，卻被黃其君聲稱是「協議」，顯有不妥。
潘忠政指出，黃其君的「協議說」遭解讀為「護礁是為重啟核四」，對於守護藻礁團隊的本意被扭曲，傷害不小，他深表遺憾。同時他強調，本次公投理由書在能源轉型的態度清楚標示「非核、減煤、救藻礁」，重申反核立場不變，不會被無端的指控所困惑遲疑，將本初衷繼續為搶救藻礁努力。
