高檢署連月來重新追查，發現諸慶恩案有4大新證據，其中3項是台灣高等法院2002年改判諸慶恩有罪時，沒有斟酌調查對諸有利的3項證據，首先是巴黎銀行的定存單發行統計表等有利於他的證據；其次是諸慶恩及同事曾提出「可轉讓定期存單有效」等有利證據，第三是巴黎銀行的函文，都可以證明他無罪，但高院卻漏未審酌，第四是2004年民事判決也證明富商翁茂鍾的怡華公司沒有受損害。
另外，怡華公司在諸慶恩偽造文書案於高院審理期間，提起刑事附帶民事損害賠償訴訟，向諸求償5億餘元，巧合的是，怡華公司提告求償不久，諸就被高等法院依涉犯偽造文書罪判4月有期徒刑，緩刑3年，違反《商業會計法》部分卻不另為無罪預知，民事部分則移送民事庭，讓怡華公司免繳約500餘萬元的裁判費，但怡華公司並不是諸慶恩案的告訴人，卻獲高院准以告訴人之姿提出附民，高檢署認為這也不合常理。
高檢署認為，依據想關新事證及不合理處，足認諸慶恩應受無罪的判決，因此決定為諸慶恩的利益，聲請再審，高檢署日前找到諸慶恩妻子，詢問她們有沒有希望政府做什麼，並告知聲請再審讓諸慶恩改判無罪，在實務上可能並不容易，諸的妻子告訴檢察官：「就算只有一點希望，也不要放棄」。
高檢署檢察長邢泰釗多次主持專案會議，他看到諸慶恩追思文集時，感受到諸慶恩自幼就是虔誠的基督徒，不但熱心助人，積極參與教會活動，召集多位檢察官討論，發現過去判決有許多不合理的地方，進行法律意見研商後，決定替諸慶恩提起再審。
