雖然劇情發生在虛構的久埔國小，不過實際拍攝時選在高雄市桃源區的樟山和寶山2所部落國小拍攝。2所學校各據不同山頭，海拔分別約在1千和2千公尺，開車距離相距1個半小時。2個山區小學都面對山谷，儘管風景秀麗，卻因為位處高海拔、氣候捉摸不定，常常劇組一大早天氣晴朗到現場拍攝，往往下午1、2點拍著拍著就雲霧繚繞、伸手不見五指，只好全組停工等雲霧散去。由於雲霧影響拍片的光線，導致山區拍攝的戲份都出現光影不一的問題，只好再用特效逐一修正。
為了配合小朋友的空檔，《聽見歌 再唱》選擇在暑假期間拍片，偏偏夏季山區午後常有豪大雨，拍攝時劇組手機就常接到警告建議不要外出，或警告有土石流，不准外出。某次天氣晴朗的拍攝瞬間烏雲密佈，隨即下起傾盆大雨。山區生活經驗豐富的導演楊智麟判斷這不是普通的午後雷陣雨，立即將劇組全體撤回住宿的青年活動中心。一回到住宿處，當地派出所員警已守在那不准眾人外出，因為對外道路已被土石流封住。
這次豪大雨讓劇組停工3天，所有人員、器材困在山中出入不得，男主角馬志翔老婆來探班，原本只計劃待2天，結果卻待了1個多禮拜。經過前後近3個月的山區準備和拍攝工作，最後劇組最花錢的竟是對付天氣，也對原本就在山區工作、生活的部落族人更加感佩。
