謝長廷因一句「台灣三座核電廠廢水也是排放入海」，遭外界譏為「助日代表」，原能會主委謝曉星也稱謝不是專業，因此才會說出一般民眾認知的話，強調台灣與日本排放的廢水是不同的。
謝長廷隨後貼出證據指出台灣確實也將含氚廢水排放入海，只是在標準值內；原能會輻射防護處長劉文熙則表示，日本排放的廢水是事故後大量排放，雖然在排放前會做一些處理，但目前沒有看到相關計畫，台灣與日本排放的核廢水就性質來源是不同的，並強調台灣排放的核廢水數值都符合國際規範。
對此，張惇涵表示，原能會已經說明台灣核電廠的廢水排放，一切符合國際標準，也符合法規規範，從這裡也可以看出，「謝長廷代表和原能會的說法，沒有相互違背。」並指出謝長廷與原能會都有向日方表達關切，雙方的重點也都強調核電廠排放廢水必須符合國際標準，「這是專業問題，應該回歸專業討論，不須政治操作。」
由於國民黨要求召回謝長廷回台接受質詢，張惇涵認為，這是2年後的事，在野黨在這個時間點做這些政治操作是沒有意義的，回歸專業討論才是正辦，批評在野黨亂貼政治標籤，對於謝長廷及第一線辛苦的外交同仁並不公平，完全無助台日友好關係，也無助於區域和平穩定。
