台灣爆發機師集體染疫潮後，由於機師分別隸屬不同機隊，原先一直查不出共同感染源，指揮中心也先排除群聚感染的可能性；直至4月29日指揮中心突然要求緊急清空防疫旅館諾富特，而後也證實飯店1名主管染疫。
據《蘋果日報》報導，4月28日晚間桃園市政府就接獲通知諾富特員工染疫並告知民航局，後當晚指揮中心召開緊急會議，宣布29日一早就要清空旅店，然而民航局是在29日凌晨1、2點才獲知。
而據華航機師指稱，4月28日公司內部通知，機組員返台必須「1人1戶」隔離，因此許多原本要在家隔離的機師，便在公司安排下住進諾富特，除了因此增加染疫風險，後續還被送進集中檢疫所關了14天；然而29日機師們卻從媒體得知「1人1戶」僅在研議中未正式實施。
此外，由於機師飛行時間不固定，入住飯店的Check in、Check out時間也與一般旅客不同，有時候半夜也會入住，4月28日晚間與4月29日清晨皆有機師到諾富特Check in；另一方面，由於實際在執勤的機師熟悉作業流程，其實航空業界早就盛傳，機師確診的感染源頭就在華航園區或諾富特飯店內，不過指揮中心在28日晚間才確認旅館員工確診，並且未提前通知民航局與華航當晚不要再讓機師入住。
事實上，過去指揮中心更改航空業防疫政策時，民航局時常都是後來才被告知；過去台灣因疫情控制得宜，各方皆有意要縮短機組員的隔離時間，然過去指揮中心宣布要縮短機師居檢至3天、採陰後出關並且3天內不得派飛時，本應在4月16日與民航局討論，卻提前14日早上開會決定、隔日就在記者會宣布實施，而民航局也是透過記者會同步得知，通知航空公司後許多業者應變不及、導致班表都要重排。
