武漢肺炎疫情至今在台已累積超過4千名確診個案，雙北及全國各縣市陸續升為三級警戒至28日，後續是否升降級格外引發關注。中央流行疫情指揮中心指揮官陳時中23日表示：「整體能不能降級，當然是要看疫情的控制情形，這一週（28日前）是非常重要的觀察期！」
根據指揮中心頒布的「疫情警戒標準及因應事項」，14天平均每日確診百例以上、且一半以上找不到傳染鏈，就會升至四級警戒，以這波疫情爆發至23日的數據分析，關聯不明的比例只占16％、約480例，升級幾乎不可能，陳時中也表示「絕對沒有必要」升至第四級，請大家不要以訛傳訛。
儘管離升級標準還有段距離，但若以確診人數、陽性率及個案分布趨勢等3項指標觀察，疫情雖未等比擴散，卻也未見趨緩，不僅每天維持3百例上下的確診數，雙北以外縣市也出現零星群聚案件，新北市確診人數更超車北市，疫情警戒想在短期內降級，恐有難度；對此，陳時中指出，專家建議延長三級警戒正研議中；台北市長柯文哲也說，中小學停課至28日要解封有困難，應會延長。
拚疫情警戒降級，政府陸續祭出多項抗疫手段，指揮中心與各縣市政府15日起在各地布設熱區快篩站，未料篩檢量暴增導致塞車，22日起以「校正回歸」方式回頭修正每日確診數，也讓近半個月的防疫3大破口一一浮現，考驗政府能否及時補破網。
首先是篩檢量能不足的問題。現行判定確診的依據是核酸檢測（PCR），即便在快篩站也同時採核酸檢測雙重驗證。據指揮中心說法，台灣目前每天篩檢件數可達1萬4千多件，但一名官員坦言，每天通報案件暴增，各地採檢單位常應付不及，結果出爐後又要負責上傳相關資料，原先中央設計的欄位太複雜，人力吃緊狀況下，採檢進度、資料上傳都塞車，才會出現大筆校正回歸的數據一夕暴增。
此外，以這波感染熱區的雙北市為例，即便2市陸續成立快篩站，檢驗數量仍有限。2市自15日進入三級警戒以來，北市萬華區的快篩站採檢量平均每天上千件，但近日單日確診數超越北市的新北市，自17日設快篩站起，採檢量初期單日都不滿千件，直至21日起才破千件，整個新北市快篩的平均採檢量甚至不敵北市一個萬華區。
「準備了1年多，篩檢量能明顯就是不足！」台灣感染症醫學會名譽理事長、台大兒童醫院院長黃立民直言，過去都會要求核酸檢測報告隔天就要出來，如今篩檢量暴增，人力設備都不夠，醫院急診不該再當快篩站，而是應廣設社區篩檢點。前疾管局長蘇益仁也說，醫院急診室不該設篩檢站，否則只要懷疑染疫就跑去篩，「檢驗量能當然垮掉！」
為了擴大篩檢能量，陳時中23日表示，已檢討並簡化篩檢通報及檢核程序，並補助核酸檢測機構最高5百萬元改善相關設備，另廣徵民間有檢驗能力的業者加入疾管署的認證。
