此外，對比雙北市過去1週新增案例消長，新北市無疑是這波疫情能否落底的重中之重，但一名執政高層說，相較於醫師背景的台北市長柯文哲，新北市長侯友宜在展現防疫的作為上，不論是整體調度或與中央溝通協調，都令他們捏把冷汗。
為避免醫療資源癱瘓，指揮中心16日宣布無需積極治療者，以及剛採檢確診但無症狀或輕症者，將分流到集中檢疫所，但本刊調查，以雙北市為例，同樣身為感染熱區，2市的防疫旅館及自籌的集中檢疫所數量落差卻極大。
據統計，至18日止，北市有上百家防疫旅館，共6,600多間房，新北市僅有12家，約1,000多房；至於作為安置快篩陽性者的集中檢疫所，陳時中直言：「北市資源比較豐富，新北市確實防疫旅館比較少，即時要轉變相當困難」、「北市自己布建了加強版防疫旅館，漸漸可以收在這些旅社，但新北市一時在建置上沒那麼快，我們會盡全力來幫忙。」
對此，新北市府強調，集中檢疫中心本來就由中央調配，新北共成立4家集中檢疫中心，也會尊重由中央統一調配。指揮中心則表示，至22日止，集中檢疫所共收住1,093名確診者，其中新北721人、北市340人、其他縣市32人，目前還有11處正建置中，預計可再增1,000間房。
黨政人士透露，去年疫情初期，光是中國回台的零星案例，就讓中央提高警覺，但現階段雙北市疫情蔓延，「中央只有設法支援地方，把傳染鏈斬斷，疫情才能落底。」不過，對新北市的防疫表現，「中央確實很焦慮。」不諱言侯友宜若變成2003年SARS的馬英九、擋不住疫情，最後失守的責任還是要中央政府承擔。
該人士指出，中央與北市府討論疫情時可即時分享訊息，角色分工也明確，日前陳時中帶著指揮中心成員赴北市府與柯文哲開會，「一群醫生閉門討論防堵疫情措施，彼此對話都是專業語言，聚焦醫學討論，沒有任何政治語言，更不難看出溝通的順暢度。」
他說，反觀中央與侯市府，一直缺乏即時的溝通平台，疫情爆發後從最簡單的訊息分享都經常慢半拍，甚至是透過媒體才得知，即使中央要幫忙挹注資源，侯市府除了市長外也沒人能作主，「他在防疫記者會雖刻意展現魄力，卻經常狀況外，也明顯看得出市府授權不足」，難怪外界會批評他是「封城侯急」。
「該封城就封城的輕率言論，不但引起民眾恐慌，大舉外出搶購物資，事後看來很多確診者的足跡遍布新北各大賣場，加深群聚感染的可能。」該人士指出，對於新北市防疫不力，決策高層其實並不樂見，「現階段讓新北疫情滅火，也是在挽救民進黨政府。」因此一直透過管道建議侯友宜，應讓有公衛背景的首長出面，以強化民眾防疫的信心。
