台鐵局表示，為配合防疫需求，已於5月18日起調整票務系統配座程式，採交叉式配座方式售票，在座位充裕狀況下，單人乘車將優先販售靠窗座位，鄰座暫不予發售；雙人以上乘車考量親子、需照顧之年長者等需求，仍發售相鄰座位為原則。另外5月25日起再調整針對列車座位利用率較低之車次及無同行之旅客，依分散旅客座位、維持適當間距之原則販售列車座位。
因應疫情發展，台鐵局調整5月15日至6月14日各級對號列車（太魯閣號、普悠瑪號、自強號、莒光號及復興號）禁止站票搭乘，持用定期票或悠遊卡、一卡通等電子票證旅客，請搭乘區間車或區間快車，站票搭乘對號列車，台鐵局將予勸導請其下車，若勸導不聽，將移送鐵警局交地方衛生單位裁罰。
列車停駛受影響的旅客，台鐵局也會協助退換票或改搭當日最近班次列車繼續行程；已購票的旅客不限搭乘區間，均可自票面乘車日起1年內，持原車票至台鐵各車站窗口辦理退票，免收手續費；已完成網路付款但尚未取票及臺鐵e訂通退票之車票，手續費由台鐵局統計批次退款；已購買端午連假期間車票的旅客，則需確認所乘車班次是否有變動，提前辦理退票或變更班次。
