為防堵Delta變種病毒入侵，指揮中心加強邊境管制並於7月2日起會對境外移入進行基因定序。羅一鈞說明，8月27日至9月2日境外移入個案的病毒基因定序結果，總共12例為Delta變種病毒，分別來自荷屬阿魯巴、土耳其、美國、日本、印度、瑞典、菲律賓或泰國與中國，以及來自日本的個案則驗出Alpha變種病毒。
羅一鈞進一步說明，12名Delta確診者共有3人屬於完整接種2劑疫苗且滿14天為「突破性感染」的個案，分別是印度籍40多歲男性案16406自印度入境台灣，以及本國籍50多歲男性長榮機師案16066自美國返台，兩人都是接種過2劑AZ疫苗；而本國籍50多歲女性案16071自中國江蘇返台，她曾接種過3劑中國智飛疫苗。
國內目前共發現95例為Delta個案，當中包含13人為6月屏東訪寮本土群聚案，其餘82例則為境外移入，當中總計有11人為突性感染；至於8月的本土確診個案，發現51例皆為Alpha變種病毒，並未發現本土有染上Delta。
全國於5月19日起實施三級警戒，目前因疫情趨緩已降至二級，百業也逐步解封，但八大行業則仍被禁止復業，不少從業人員已數月失業，生計受到嚴重影響。就有媒體詢問，八大仍未解禁，那指揮中心大約何時才會開放？指揮官陳時中回應，經濟部有相關紓困作為，而八大行業本身的疫苗覆蓋率不到一定的程度就不會考慮開放，應該要達到6成覆蓋率才可能儘快放，話鋒一轉提及「現在這波疫情還是要特別小心」，應該是指長榮機師與其兒子染疫，指揮中心高度懷疑可能是Delta病毒，因此謹慎處理，不僅加強桃園市二級警戒，染疫兒子的學校也停課。
