宮﨑駿領軍的吉卜力工作室過去作品都以手繪製作，包含宮崎吾朗執導的兩部《地海戰記》《來自紅花坂》皆是如此，這回拋下過去招牌挑戰電腦動畫，主要的動畫團隊也是由宮崎吾朗找過去曾合作過的馬來西亞動畫師Tan Se Ri幫忙聚集人才，組成了國際化的動畫團隊。
大學攻讀森林工程的宮崎吾朗，畢業後成為景觀建築師，當初也是因為鈴木敏夫邀他一起建造東京三鷹吉卜力美術館，他才放棄原先工作加入吉卜力。過去的經驗在這次使用電腦動畫的製作過程中也成為助力，吾朗說：「做建築設計時，會思考實際空間中要做多的東西，再進行繪製，CG（Computer Graphics，電腦繪圖）同樣是在電腦上進行，對我來說容易很多，有種比手繪上手的感覺。 因為就算是在電腦中，我也可以很快地掌握空間概念，來安排角色的表演及需要的空間等，思考上是比較容易的。」
《安雅與魔女》從企劃、製作到完成花了4年，原先只是要在電視上播出的動畫，最終調整為電視播映後再上電影院。根據製作人鈴木敏夫的說法，《安雅與魔女》的製作費相當於一般吉卜力的動畫電影，讓他不得不想辦法爭取更多經費，也因電影公司東寶對此企劃案極感興趣，促成了這次的合作。
不少觀眾看完電影後，對片尾的手繪《安雅與魔女》小劇場很感興趣，也認為這樣的安排非常貼近吉卜力的風格。宮崎吾朗笑說：「其實那是因為電影製作已經忙不過來，所以我就自己用手繪的方式來設計。另外一個理由是，這樣的安排會讓觀眾在最後一種溫暖的感覺，很像吃完主餐後享受甜點的心情，才做了這樣的決定。」
