綜合媒體報導，國安單位掌握資料，該「清華海峽研究院」具有中共官方背景，卻在未經教育部許可的情況下，透過自強工業科學基金會承租辦公室，在新竹清大校園內設立新竹辦公室，進行在台技術研發、攬才、投資等業務，涉嫌違反《兩岸人民關係條例》。
陸委會主委邱太三上午證實，今年8、10月曾接獲相關訊息，陸委會已函請教育部請清華大學做進一步了解；教育部今稍早正式做出回應，表示在10月26日確實接獲陸委會來函，認為「清華海峽研究院新竹辦公室」設立運作一事，違反了《臺灣地區與大陸地區人民關係條例》第40條之2，「大陸地區之非營利法人、團體或其他機構，非經各該主管機關許可，不得在臺灣地區設立辦事處或分支機構，從事業務活動。」
教育部本月4日函請清大校友總會及清大校方，就該新竹辦公室從事活動情形查察回報後，本案將依據《兩岸人民關係條例》第93條之3規定，以違反該條例40條之2進行裁罰。
清大校方澄清，該辦公室為校友會成立，服務校友推廣教育及創業機構，是透過自強基金會轉租校內空間，不屬於清華大學，校方也未曾知悉或參與其中運作；教育部也表示，針對校方將校內空間租給清華海峽研究院作為辦公處一事，他們已督導清大依該校場地設備管理使用相關規定，對於相關違背法令情事，立即停止其使用並即刻撤離。
提供出租辦公室的自強基金會董事長盧崑瑞透露，據他所知該辦公室因為疫情關係已經久未運作，但礙於外界質疑和適法疑慮，基金會將提前中止與該單位的租約。
