國民黨陣營對於1218的4項公投案立場尚待整合，其中「重啟核四」一案最多爭議。由於該案並非由國民黨內部直接發起，但是衝著民進黨政策而來，黨中央日前才定調「4個同意」，即包含核四在內的4案全數支持，但黨內仍有不同意見，例如核四所在的新北市，以及相距不到10公里的宜蘭縣，2名藍營首長都表態，沒有核安、無法處理核廢料，就沒有核電，「沒有安全就沒有商轉」。
侯友宜和林姿妙的表態與黨中央不同調引發議論，前總統馬英九今參加中華民國核能學會舉辦的「用過核燃料處理論壇」，他在致詞中點名新北與宜蘭2位地方首長，指他們就是因為不了解核廢的處理過程，才會反對重啟核四，令人遺憾。馬英九說，放射性的核廢料不只是存在於核電廠，不論核四是否可以商轉，40年來用過的核燃料跟其他醫療廢料一樣，都持續留在台灣。當年在蓋核四的時候就有完整規劃，要在貢寮挖大山洞，容納2萬桶的低階核廢，高階核燃料則採用美國處理方式，先存放在核電廠水池約15年，接著再移置到乾式貯存場25年，共可存放40年。
馬英九認為，在科技日新月異的發展下，國際間對於核廢料的處理已經從如何貯存，進展到回收再利用的階段，因此2位首長的疑慮應該可以放下來。
馬英九也感嘆，國內因為政治因素，將高度工程專業問題用非理性語言討論、汙名化，並提到2018年的「以核養綠」公投以6比4通過，就連核電廠所在縣市、甚至宜蘭縣也都是如此同樣的結果，馬英九強調，這代表反核絕對不是全民共識，民眾真正期盼的是減碳與穩健用核。
馬英九痛批民進黨政策將國家安全置於險境，像是2025非核家園將有5成能源來自天然氣，他很擔心進口天然氣的船進不來會造成台灣電力危機。他也提到，國際上許多大國都在積極發展核電，民進黨政府卻還在反核廢核，直言民進黨若執迷不悟、不知道世界共識是支持核電，將會被世界淘汰。
