《報導者》報導指出，2018年10月台鐵普悠瑪號發生意外，造成18死、291人傷的慘劇，因此行政院成立史上層級最高的「台鐵全面總體檢」會議，由行政院政務委員召集，完成一份台鐵改善項目達144項的總體檢報告。
截至2022年3月，體檢144項目完成狀況分成3類，由交通部解除列管的有109個項目，由委員會解除列管的共27項，只剩8項目尚未完成；《報導者》同時公布與多位軌道與公共運輸從業人員合作，推出的專家版體檢，發現僅有29項完成改善，其餘項目有：71項未實質完成；26項無法判斷；12項體檢建議須調整；6項未完成，與台鐵官方認定的「109項完成」認知落差極大。
對此，鐵道局副局長楊正君表示，交通部解除列管與媒體找來專家認定的標準不同，交通部在台鐵完成SOP修正，並檢附同仁教育訓練記錄後，就會解除列管；涉及台鐵內部管理組織制度調整，台鐵有提出安全改進調整計畫，目前台鐵仍在持續建置作業中，包括分階段進行、手冊研擬、落實基層執行等，是長期過程。
楊正君解釋，只要台鐵提出執行計畫，就會解除列管，後續鐵道局進行年度檢查作業時，會追蹤考核台鐵落實情形，若有未達標的情況，會提出改進事項，依據鐵路法處罰條例規定，鐵路機構對於定期檢查要求改善事項無法辦理的話，可處30萬元至100萬元。
楊正君表示，在設備建置方面，台鐵編列預算、執行發包後就會解除列管，因為不是一次性的監理，因此會有持續的檢查機制，將列管事項移入後續定期檢查機制，查核辦理情形；對於總體檢辦理事項標準有認知落差，鐵道局原則上只要台鐵提出明確執行計畫，就會解除列管，否則台鐵近2年大小事故很多，可能同一問題在不同事項都被列管，會增加很多行政成本，因此盡量在機制建立完成後解除列管，後續進行考核追蹤。
