食藥署指出，食品變質、發霉或腐敗主要是微生物所造成的，而大多數微生物，像是黴菌和酵母菌的生存需要氧氣，因此將包裝中的空氣抽離，部分微生物將失去適合生存的環境，生長和繁殖速度就會急劇下降，甚至會停止繁殖，可以延緩食品氧化，因而可以延長包裝內食品的保存時間。
不過並非每種微生物都需要生存於有氧氣的環境，食藥署說明，有些微生物在無氧或部分厭氧的環境會生長更為活躍，例如肉毒桿菌、產氣莢膜桿菌、大腸桿菌等此類厭氧菌和兼性厭氧菌。以常見的肉毒桿菌食品中毒為例，肉毒桿菌能在有氧環境中產生芽孢而呈休眠蟄伏，而在沒有氧氣及低酸性（pH>4.5）的環境中繁殖生長，進而產生致命的毒素。
食藥署提醒，在特定的環境條件下，真空機確實有助於食品保存，但是真空包裝反而會促成厭氧菌的繁殖，所以還是需要結合其他輔助方式，如冷藏冷凍、脫水、高溫殺菌或是鹽糖醃製等方式降低產品水活性，用以抑制或消滅細菌生長。
食藥署強調，使用真空機輔助保存食物前，一定要謹記效果有限，建議趁新鮮時儘快食用，或是結合其他方式輔助減緩微生物生長，才能確保食品的安全；並記得，食用前仍須充分加熱，才能確保食用安全。
