「我不可能讓一個主任連續當17年！」陳穆寬說，某主任當了17年主任，被換下來當然很不高興，但就制度面來說，這種人事更替在台大、榮總都很平常，資深的被改革者雖然不滿，但員工對改革的滿意度高達80％以上，創歷史新高。
為加強醫療品質，陳穆寬甚至計算每位醫師的癌症病患存活率，並與世界及台灣平均值比較，再把存活率算到每位醫師個人成績上，就像讓學生知道自己考試考得好不好？陳認為，這樣才能找出原因、找出解決方法。
「這也引起少數資深醫師的不滿！」陳穆寬表示，有些資深醫師會質疑，為什麼他們這麼資深，這些東西還要被拿出來討論？但陳認為這一切都出於好意，沒有最好，只有更好，絕大多數醫師都認為科學化管理會提升醫療品質，但還是有少數資深醫師認為自己不被尊重。
陳穆寬說，全世界有名的醫學中心都是這麼做的，彰基在轉型成世界一流醫學中心時，必須經過陣痛期，所幸大部分醫師都能接受，也認為可以協助他們提昇醫學知識，現在的年輕醫師跟以前不一樣，他們可以上網搜尋，不見得資深醫師都是對的，引進新的管理方法，用科學化管理，對病人安全、醫療品質才有保障。
教會醫院不以營利為目的，陳穆寬上任後，加強各分院資源的分配與整合，偏遠地區的分院，會請總院資深醫師、主任前往支援看診，不像以前只派資歷淺、年紀輕的醫師，這也是彰基董事會的要求與政策。陳告訴本刊，少數人因政策改變不適應，反彈是可預期的。
對於過去一連串的批評，陳穆寬強調，他身為上帝忠誠的門徒，願意揹負這個十字架，過去他沒有公開反擊，是因為覺得只要多說話，就會對離職醫護人員、醫院多一分傷害，沒想到外界卻以為他默認，讓彰基受到傷害。為了醫院，他與董事長討論後，才決定親上火線，希望導正視聽。
