林智堅在宣布參選桃園市長之際卻爆出論文抄襲案,名嘴更找出台大國發所碩士生余正煌論文,指林智堅論文與余正煌的民調資料一樣,林智堅則強調自己「絕對經得起考驗」。國民黨台北市議員鍾小平、徐巧芯等人則具名檢舉林智堅抄襲,台大受理後則表示,受理檢舉後預計2個月內完成審定。
針對林智堅論文抄襲案,台大今表示,將依據「國立臺灣大學博、碩士學位論文違反學術倫理案件處理要點」成立審定委員會,並依程序展開調查,本案處理均遵循規定程序,並依要點規定進行,在召開審定委員會時,將通知相關人員到場陳述意見或提出書面說明。林智堅將需提出書面說明或是到場陳述意見,必要時也會請指導教授陳明通列席。