據《聯合報》報導,張善政受訪時被問到對於林智堅論文事件採取比較保守的態度,與他在擔任中華大學客座教授有關。張善政說明,最近一期擔任中華大學榮譽講座教授,聘書是資訊電機學院發的,在之前則是科技管理系、資訊學院特聘講座教授。張善政透露,榮譽講座教授不支薪,只是一學期到學校演講一次、領個車馬費而已,他認為既然學校看得上他的專長,他很樂意去演講。
被質疑不批評林智堅的論文風波,張善政表示這是基於2個理由,第一點是從學術研究的角度來看,他認為林智堅在論文門呈現的事實不夠清楚,因此他難下斷論。其次,他之前就說過,就算林的論文真的有問題,他也希望這場選舉是君子之爭,他不會去挑毛病說林做過什麼不好的事情,不會因人設事,純粹看對方端出什麼牛肉,讓選民論斷這個好或不好,讓選民有個選擇。
儘管他並未對林智堅的論文事件多做批評,仍被質疑他放任旗下側翼去攻擊、抹黑林智堅。對此張善政喊冤,強調他根本沒有什麼側翼,也沒有什麼抹黑或指使誰去抹黑對方的情況,重申只想君子之爭;同時他也呼籲林智堅,應該將論文事件交代得更清楚一些,因為這是學術界該有的普遍要求。