翁啟惠去年9月獲得威爾許化學獎（Welch Award in Chemistry），也是首位獲得該獎項的華人科學家，目前獲獎的亞裔科學家包含翁在內也僅有2位。中研院新聞稿指出，由於翁啟惠在醣科學領域所開發的技術及方法，有助於了解醣分子在生物體及疾病演變上扮演的角色，為新藥和疫苗研發開創新契機，因而獲表彰。
而今年度的諾貝爾化學獎將於本月5日揭曉，去年奪下威爾許獎的翁啟惠也進入外界推測的強力後補名單中，日本最大化學網站「Chem-Station」9月26日最終更新的預測名單中，翁啟惠的名字就出現在「有機化學」類別的人選中。
翁啟惠長年鑽研於化學生物及醣分子科學研究，是全球首位發展多醣體自動化合成、以酵素方法量產醣分子及醣蛋白的科學家，也曾發明讓醣分子能在實驗室裡快速合成的「程式化一鍋式反應法」，是第一個自動化合成多醣體的化學方法，他的酵素法也是目前唯一可大量而快速合成寡醣的方法。
此外，翁啟惠曾獲選美國藝術與科學院院士（1996）、美國國家科學院院士（2002）、世界科學院院士（2007）、歐洲分子生物組織外籍會士（2010）和美國國家發明學院院士（2014），並於1994年當選中研院院士、2020年當選工硏院院士。
獎項成就方面，翁啟惠獲得過美國總統年青化學家獎（1986）、國際醣化學獎（1994）、美國化學會哈德遜醣化學獎（1999）、國際酵素化學獎（1999）、美國總統綠色化學獎（2000）、美國化學會合成有機化學獎（2005）、德國宏博資深科學家獎（2006）、傑出化學研究卡頓獎章（2008）、美國化學會亞瑟科博獎（2012）、日經亞洲科技創新（2012）、沃爾夫化學獎（2014），以及英國皇家化學會羅賓遜獎（2015）等，專業成就相當驚人。
